Das normale Chakra besitzt jeder Shinobi und ist bläulich. Dieses Chakra hat keine besonderen Eigenschaften, außer, dass sie Jutsus verstärken.
Ausnahme:
Die Akimichis haben einen Weg gefunden das bläuliche Chakra mit Hilfe ihres Übergewichts zu stärken. Die rote Chilli Pille, die nur Akamichis haben, lässt das Fett des Anwenders verbrennen und wandelt dieses in Chakra um. Dieses ist dann so stark, dass sich das Äußerliche des Anwenders verändert und Chakra-Schmetterlingsflügel auf dem Rücken erscheinen. Die dann vorhandene körperliche und geistige Kraft ist sehr gefürchtet. Dennoch zahlt der Anwender einen sehr hohen Preis: Schwere innerlichen Verletzungen.
Kyūbis Chakra besitzt Naruto als Einziger, da er Kyūbi in sich trägt. Dieses Chakra ist überaus stark. Es kann Jutsus sehr gefährlich machen und ist auch sehr einfach zu erkennen, wenn es aus Naruto ausströmt. Sogar Tai-Jutsus werden sonderlich gestärkt, denn Naruto verändert sein Aussehen und mutiert ein wenig zu Kyūbi. Narutos Muskelkraft steigt an, sodass er sogar Hakus Makyo Hyosho mit seiner Faust zerschlagen konnte.
Das violette Chakra besitzen nur Shinobi, die das Mal des Fluches von Orochimaru tragen. Dieses Chakra hat eine enorme Stärke und man konnte es erstmals von Sasuke ausgehen sehen, als dieser im Todeswald von Orochimaru gebissen und ohnmächtig wurde. Dennoch ist es böse und raubt anscheinend dem Besitzer den Verstand - so auch bei Sasuke.
Jedoch lässt dieses Chakra Jutsus unendlich stärker werden!
Grünes Chakra kann nicht jeder Shinobi erzeugen, denn man muss sein blaues Chakra perfekt kontrollieren können. Normalerweise wird es nur von Medi-Nin verwendet, um Personen zu heilen oder Operationen durchzuführen. So kann auch Sakura das grüne Chakra anwenden. Dieses lässt den Anwender ebenso eine Vielzahl an neuen Jutsus anwenden. Diese Jutsus basieren auf medizinschen Grundlagen.
Anscheinend konnten die Einwohner von Hoshi-Gakures ein ganz anderes Chakra erzeugen. Dieses Chakra ist rosa und breitet sich am Körper wie ein Pfauenschwanz aus, welcher den Rücken des Anwenders schützt. Angeblich konnten sie auf diesem Pfauenschwanz fliegen. Dieses Chakra ist jedoch sehr ungesund für den Anwender und man verwendete es nicht mehr so oft, fast gar nicht mehr. Hoshi Chakra erzeugt aber nicht der Shinobi, sondern der Meteroit, auf dem Hoshi-Gakure liegt.
Tantō Chakra lässt sich nur erzeugen, wenn man das Tantō des Hatake Clans besitzt. Dieses Tantō lässt bläuliches Chakra in weißes umwandeln. Wahrscheinlich ist das weiße Chakra sehr stark, jedoch weiß man wenig darüber, da das Tantō leider während einer Mission zerstört wurde. 
Eremiten Chakra wird gebraucht, um die starken Sen-Jutsus zu nutzen. Jiraiya lernte es zu beherrschen und Fukasaku bringt es Naruto bei. Hierbei wird nicht wie beim normalen Chakra nur körperliche und geistige Energie miteinander verschmolzen, sondern auch die Energie der Natur. Die somit entstandene Energie ist um ein Vielfaches stärker als das reguläre Chakra und wird nur von sehr wenigen beherrscht. Es macht den Anwender stärker und schneller, sowohl physisch, als auch psyschisch.