Das Sharingan ist ein spezieller körperlicher Zustand der, durch die Geburt, in nur einigen Mitgliedern des Uchiha Clans erscheint. Es ist eins von den auserwählten wenigen Arten und ist nur Vererblich. Sie sagen, daß die Vorlagen des Uchiha Clans innerhalb des Hyūga Clans liegen. Das Byakugan is ebenfalls vererblich und zwar bei einigen Mitgliedern des Hauses Hyūga. Das Sharingan und das genetischen Merkmal des Byakugan sind sich ähnlich. Es ist eine Augenfähigkeit, die des Sharingan, aber irgendwie übertrifft. Keine dieser speziellen körperlichen Bedingungen kann erlernt oder vorgeformt werden. Durch Jusuts wird das ganze noch wirkungsvoller.  Die Pupille des Sharingan gibt Ihnen die Fähigkeit zu durchschauen und besiegt jede Art Versteck-, Illusion, und Körperkunst. Es ermöglicht, Personen, im Fall von einem Doppelgänger, nur als Chakra zu sehen. Mit dem gleichen Effekt für alle Arten von GenJustu. Es erlaubt Ihnen auch, die gegnerischen Künste zu kopieren, sobald Sie sie gesehen haben, oder sogar während sie vorgeformt werden.

Byakugan ist die Blutlinie des Hyūga-Clans. Bei dieser Technik werden die Augen des Anwenders ganz weiß und der Anwender hat dann ein Blickfeld, welches 360° um sich wirkt. Weiters ist der Anwender in der Lage, das Keirakukei (Chakrafluss) und das Tenketsu (Chakrapunkte) des Gegners zu sehen.Werden diese attackiert, wird der Chakrafluss des Gegners unterbrochen. Byakugan heißt im übrigen übersetzt "Weißer Blick".

Dieses Kekkei Genkai kommt aus Kiri-Gakure und erlaubt es dem Benutzer, das Wasser sowie den Schnee und den Nebel in der Umgebung nach Belieben zu manipulieren. Da man währenddessen noch viele andere Techniken aus den drei Hauptgruppen benutzen kann, ist dieses ein enorm starkes Kekkei Genkai. Der Anwender lässt ein Gefängnis aus Spiegeln aus Eis um den Gegner entstehen. Dann verschwindet er in ihnen und kann sich darin in Lichtgeschwindigkeit fortbewegen und aus allen möglichen Richtungen den Gegner zu Tode attackieren.

Das Shikotsumyaku Kekkei Genkai ist im Kaguya Clan gering vererbt. Außergewöhnlich  ist, dass Kimimaro als einziger diese Technik in diesem Clan bis jetzt zeigte. Das Kekkei Genkai erlaubt die eigenen Knochen zu manipulieren. Ninja die diese Kunst beherrschen sind im Stande Knochen aus ihren Körpern sprießen zu lassen und sie als Verteidigungsmittel  bzw. Waffe zu gebrauchen. Kimimaro baute ein Knochenschild als Verteidigung auf, welches Vergleichbar mit Gaaras Sandschild ist. Diese Fähigkeit macht den Körper fast unverwundbar und verschafft dem Nutzer eine ideale Verteidigung. Die Wirbelsäule kann außerdem komplett rausgezogen und als Waffe genutzt werden.

Jiraiya wurde einst von der göttlichen Kröte gerufen. Sie prophezeite ihm, dass einer seiner Schüler in mehreren Jahren mit einem Do-Jutsu erscheinen wird. Jiraiya alleine hat die Kraft zu Entscheiden ob er Zerstörung über die Welt oder Frieden bringt. Der Nutzer des Rinnegan kann seine Seele in mehrere Teile spalten - Pein in genau 5 andere Teile. Jeder dieser sechs Peins kann genau das sehen, was die anderen fünf gerade sehen. Der weise Rikudō, der Erschaffer der Ninja-Welt, soll angeblich auch die Rinnegan besessen haben. Das Rinnegan hat sogar das Byakugan übertroffen, denn im Gegensatz zum Byakugan gibt es durch das Rinnegan keinen toten Winkel. Ebenso heißt es, dass der Besitzer der Rin'negan alle fünf Haupt-Elemente der Ninja-Welt beherrscht.

Dieses Kekkei Genkai besitzt Mizukage Godaime. Der weibliche Kage kann damit eine zähflüssige Masse erschaffen, die Dinge zum Schmelzen bringen kann. Im Kampf gegen Sasuke nutzte sie Yōkai no Jutsu, um die Ausgänge zu versperren. Scheinbar kann sie die Masse auch zum Attackieren benutzen. Mehr ist jedoch bisher noch nicht bekannt.

Futton, Kōmu no Jutsu ist das zweite Kekkei Genkai des fünften Mizukages. Hiermit erschafft sie einen Nebel mit ätzenden Eigenschaften. Um keine Verbündeten zu verletzen, muss sie dieses Jutsu in einem abgeschlossenen Raum benutzen. Sie kann mittels ihres Chakra die Stärke der Ätze regulieren. Sowohl Körper, als auch Jutsus des Gegners werden damit angegriffen. Mizukage schaffte es sogar, Sasukes Susano zu schmelzen.